بکارگیری روش HRM در شناسایی و تفریق جدایه‌های ایرانی ویروس بیماری نیوکاسل از سویه‌های واکسینال

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسنده

چکیده

برای کنترل همه‌گیری‌ها لازم است تا حضور ویروس‌های حاد از واکسن در کمترین زمان ممکن و با بیشترین دقت تشخیص داده شود. هدف از این مطالعه، بکارگیری روش HRM (High-Resolution Melting-Curve Analysis) در شناسایی و تفریق جدایه‌های بومی ویروس بیماری نیوکاسل از سویه‌های واکسن بود. در این مطالعه 5 جدایه حادNDV همراه با 6 نمونه‌ از واکسن‌های نیوکاسل موجود در بازار ایران مورد استفاده قرار گرفتند. بر اساس توالی نوکلئوتیدی ژن F، 8 جفت پرایمر ( H–A ) برای آنالیز HRM طراحی و ساخته شدند. در مرحله نخست 2 ویروس واکسن و یک ویروس حاد با هر 8 جفت پرایمر آنالیز شدند. بر اساس نتایج حاصله، در مرحله بعد 3 جفت پرایمر از بین آنها انتخاب و تمام ویروسها مورد بررسی قرار گرفتند. با استفاده از نرم‌افزار، الگوهای بدست آمده از ویروس‌های وحشی با الگوهای حاصل از واکسن مقایسه شدند. با استفاده از جفت پرایمرهای A، B، C، F و H دمای ذوب سویه‌های واکسن بالاتر از جدایه‌های حاد به دست آمد، اما با پرایمرهای D، E و G این حالت دیده نشد. بر اساس آنالیز منحنی‌های HRM در این مطالعه، جفت پرایمرهای B و H توانستند بهتر از سایرجفت پرایمرها سویه‌های واکسن را از یکدیگر و از جدایه حاد تفکیک کنند. براساس یافته‌های حاصل از این مطالعه می‌توان نتیجه گرفت که با استفاده از آنالیز HRM و انتخاب پرایمرهای مناسب می‌توان در مدت زمان کوتاه و با دقت بالا در مقایسه با سایر روش‌های رایج قبلی نظیر انجام آزمایش‌های تعیین شاخص‌های بیماری‌زایی، آزمون RT-PCR و تعیین توالی نوکلئوتیدی اقدام به تفکیک و تعیین حدت ویروس‌های نیوکاسل و تشخیص ویروس‌های حاد از ویروس‌های واکسن کرد

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Identification and differentiation of vaccinal and virulent Newcastle disease virus in Iran by HRM analysis

نویسنده [English]

  • Dibazar, Sh., Sheikhi, N.*, Hemmatzadeh, F., Charkhkar, S., Pourbakhsh, A. .
چکیده [English]

To control of outbreaks caused Newcastle disease, it is necessary to distinguish virulent viruses
from vaccine strains, in minimum possible time and with high accuracy. The aim of this study
was using High-Resolution Melting-Curve Analysis (HRM) for detection and differentiation of
Iranian Newcastle disease virus (NDVs) isolates from vaccine strains. In this study, 5 virulent
isolates along with 2 vaccine strains, including B1 and Lasota were used. Based on the
nucleotide sequence of F gene, 8 primers (A - H) were designed for the analysis of HRM. At the
first stage, one virulent and 2 vaccine virus was analyzed by 8 primer pairs. Based on the
preliminary results of both RT-PCR HRM, 3 sets of the primers have been selected for final
testing of the samples. The patterns obtained from wild viruses were compared with vaccine
group. The melting temperatures for vaccine strains were higher than virulent isolates by A, B,
C, F and H primer pairs; despite D, E and G. In this study, B and H primer pairs could separate
vaccine strains from each other and from virulent isolates, better than other primers. Based on
these results, HRM analysis and correct primer selection can determinate and differentiate
virulent NDVs from vaccine strains. This technique is able to do this in short time and with high
accuracy in comparison with previous conventional approaches such as pathogenicity indices
tests, RT-PCR and nucleotide sequencing.

کلیدواژه‌ها [English]

  • HRM Analysis
  • Newcastle Disease Virus
  • Vaccine Virus
  • differentiation
  • Primer