مقایسه روش‌های استخراج ‏DNA‏ از بافت‌های ثابت شده در فرمالین

نویسنده

.

چکیده

نقطه شروع‌ ‏بسیاری‌ از روش‌های‌ بیولوژی‌ مولکولی‌، ‏ضرورت‌ جداسازی DNA‏ با کیفیت‌ عالی است. معمولا کیفیت DNA‏ ‏با ‏عواملی‌ از قبیل‌ عدم‌ آلودگی‌ ناشی‌ ‏ازRNA ‎، پروتئین، لیپید و سایر ساختارهائی‌ که‌ برای‌ آنزیم‌های‌ برشی‌ و ‏پلی‌ مرازها مزاحمت‌ ایجاد می‌کنند ‏سنجیده‌ می‌شود‎‏. معمولا DNA ‏استخراج ‏شده‏ از بلوک های پارافین و بافت‌های فیکس شده در فرمالین بخاطر اثرات تخریبی وارد شده بر ‏DNA، از کیفیت مطلوبی برخوردار نیستند. هدف از مطالعه، معرفی روش کارآمد در استخراج DNA از بافت‌های نگهداری شده در فرمالین می‌باشد. جهت استخراج ‏DNA‏ از بافت‌های نگهداری شده در فرمالین، دو پروتکل مختلف از کیت Bioneer و کیت طراحی شده General Genomic Extraction ‏توسط نویسندگان مقاله مورد مقایسه قرار گرفتند. ارزیابی کمی و کیفی بر روی ‏DNA‏ های استخراج شده انجام گرفت. جهت تایید و ارزیابی DNA استخراج شده، واکنش ‏PCR‏ با پرایمرهای ژن بتاگلوبین بر روی تمام نمونه‌ها انجام شد.‏ نتایج آزمایش کیفی و کمی نشان داد که DNA استخراج شده با استفاده از کیت General Genomic Extraction از کمیت و کیفیت مطلوبتری در مقایسه با کیت Bioneer برخوردار بود. میزان تکثیر نمونه‌ها با پرایمر بتاگلوبین، حاکی از غلظت و خلوص بیشتر DNA استخراج شده با کیت مذکور در مقایسه با کیت Bioneer بود. با توجه به آسیب ناشی از نگهداری بافت در فرمالین، کیت General Genomic Extraction کارایی بیشتری در استخراج DNA داشت. این روش می‌تواند برای استخراج ‏DNA‏ از بافت‌های نگهداری شده در فرمالین و بلوک‌های پارافین به صورت روتین در آزمایشات تحقیقاتی و بالینی مورد استفاده قرار گیرد. 

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Comparison of DNA extraction methods from formalin-fixed tissues

نویسنده [English]

  • . .
چکیده [English]

The commence point of several molecular biology methods was necessity for high-quality DNA extraction. Ordinary, the quality of DNA were determinate with some factors such as DNA contamination from RNA, proteins, lipids and other structures which disturb in activity of digestive enzymes and polymerase. Usually, DNA extraction from paraffin-embedded blocks and formalin-fixed tissues were damaged, owing to the fact that destructive effect were entered on DNA inconsequence, they had not desirable quality. The aim of this study was to present an efficient method for extracting DNA from tissue that fixed in formalin. Two different protocols of Bioneer and General Genomic Extraction Kits were compared for DNA extraction from formalin-fixed tissues. Qualitative and quantitative evaluation was performed on DNA. For verification and evaluation of DNA, PCR for β-globin gene was fulfilled on all samples. The results showed that the quality and quantity of DNA which extracted with General Genomic Extraction kit were more desired in comparison with Bioneer kit. The amount of samples that amplified with primers β-globin, illustrate more concentration and purity of mentioned DNA extraction kit in compared with Bioneer kit. Due to the damage caused by fixing tissues in formalin, General Genomic Extraction Kit was more efficient for DNA extraction. This method can be used for DNA extraction from formalin-fixed tissues and paraffin-embedded blocks for routine research and clinical trials.

کلیدواژه‌ها [English]

  • DNA extraction
  • tissue
  • Formalin