تعیین هویت مولکولی آسپرژیلوس پارازیتیکوس و فلاووس در نمونه‌های علوفه با روش Duplex PCR و مقایسه با روش‌های کشت و مستقیم

نویسنده

.

چکیده

آسپرژیلوزیس بیماری عفونی انسان و طیور است که موجب مشکلات عدیده در آنها می‌شود. هدف اصلی این مطالعه، ارزشیابی دو روش آزمایشگاهی (سنتی و مولکولی) در تشخیص آسپرژیلوس فلاوس و پارازیتیکوس و مقایسه این دو روش می­باشد. بعد از استخراج DNAهای سوش‌هایاستاندارد آسپرژیلوس پارازیتیکوس و فلاووس به همراه پرایمرهای هر قارچ و تست PCR، ژن‌های هر قارچ تکثیر و محصول  PCRبه روش TA cloning با استفاده از پلاسمید PTZ57R کلون گردید پس از بهینه‌سازی تست‌‌های PCR و  PCR Duplex 50 نمونه به روش  PCR Duplex، کشت و آزمایش مستقیم آزمایش شدند. در تست اپتیمایز شده PCR، محصول bp 343 و bp 413آسپرژیلوس پارازیتیکوس و فلاووس به ترتیب تکثیر گردید. 50 نمونه علوفه به روش Duplex PCR  ، کشت و آزمایش مستقیم آزمایش شدند. در آزمایش Duplex PCR ، کشت و آزمایش مستقیم   بر روی نمونه‌ها، 13 نمونه  با Duplex PCR و 15 نمونه با آزمایش مستقیم و کشت مثبت شد و 26 نمونه با هر دوروش منفی بودند.نتایج بدست آمده از آزمایشات فوق توسط آزمون  MacNemar بین نتیجه مستقیم و کشت از یک سو و نتیجه Duplex PCR  از سوی دیگر انجام شده توافق بین دو تست می‌باشد P=0.824. طبق نتایج بدست آمده از نظر تشخیص، تفاوت معنی داری بین دوروش آزمایشگاهی وجود نداشت هرچند روش Duplex PCR پاسخ‌دهی سریعتری نسبت به روش‌های سنتی داشت و قادر به تشخیص آسپرژیلوسپارازیتیکوس در نمونه‌ها شد.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Molecular identification of Aspergillus parasiticus and flavus in forage samples by Duplex PCR method and comparison with culture and direct examination

نویسنده [English]

  • . .
چکیده [English]

Aspergillosis is one of infectious disease that it causes difficulties for human and poultry. The main aim of this study is the diagnosis of Aspergillus parasiticus and flavus in forage samples by Duplex PCR method and comparison with culture and direct examination. After extracting DNAs of standard strains of Aspergillus parasitcus and flavus along with primers of each fungus and PCR testing, genes of each fungus were amplified and PCR product was cloned using TA cloning by pTZ57R plasmid. After optimizing Duplex PCR (D-PCR) monoplex PCR tests, 50 forage samples by Duplex PCR method, culture and direct were tested.In the optimized PCR test, 343bp and 413bp products of Aspergillus parasiticus and flavus were respectively amplified. Fifty samples of forage by Duplex PCR method, culture and direct were tested. 13 samples were positive only by Duplex -PCR and 15 samples by both tests direct and culturing were positive and 26 samples were negative with three methods.  Results of McNemar's test is equal about the three methods tests for diagnosing Aspergillus parasiticus and flavus (p=0.824). Molecular methods such as D-PCR are faster techniques than direct testing and culturing for diagnosis of Aspergillus parasiticus and flavus but there aren't difference between three methods for diagnosing Aspergillus parasiticus and flavus but with D-PCR we could diagnosis Aspergillus parasiticus.   

کلیدواژه‌ها [English]

  • Aspergillus parasitcus
  • Aspergillus flavus
  • Duplex PCR
  • Forage